Il y a très longtemps, le maléfique Cablon a ravagé la planète Copto, distante d'une année-lumière du système Algol. Il se terre depuis sur ce monde qu'Alis a découvert bien plus tard et auquel elle a donnée le nom d'Alisland. Nous sommes dans l'année stellaire 813 et Alec et Mina sont deux jeunes gens du village de Tedo qui vénèrent Alis et Odin.

Phantasy Star Gaiden est une des deux adaptations de la série sur la console portable de Sega et elle n'est sortie qu'au Japon. A l'opposé de Phantasy Star Adventure, on retrouve ici le même système de jeu que dans les versions pour consoles de salons, à savoir un RPG classique où les héros partent à l'aventure et font face à de nombreux combats. L'histoire débute à Tedo alors que Mina et Alec apprennent qu'un homme prénommé Taylor s'est fait attaqué. Les deux héros auront dès lors à coeur de comprendre ce qui s'est passé et affronteront le terrible Cablon pour restaurer le calme sur "Alisland". Les évènements se déroulent 464 ans après ceux du premier volet, bien avant ceux du deuxième et Alis, héroïne de Phantasy Star, y tient un rôle important. Reine d'Algol, elle a pourtant décidé de quitter le système pour établir de nouvelles colonies dont celle de Copto. On apprend au fil de l'aventure qu'elle a été cryogénisée pendant de nombreuses années et que Mina est son clone. Après la défaite de Cablon, elle repartira rapidement prétextant qu'une nouvelle menace gronde ailleurs, sans doute vers Algol où Mother Brain apparaît mais on ne sait pas précisément ce qu'elle devient. 

Mina

Alec

Doromu

Dolos

Alis

Le joueur dirige un groupe pouvant atteindre trois personnages, ceux-ci évoluent au gré des rencontres : Mina et Alec peuvent être accompagnés de Doromu le nain, Dolos le guerrier ou bien sûr Alis. Il n'y a pourtant pas de classes de personnages, les armes peuvent être équipées par n'importe quel perso pour peu que son level soit assez élevé. Les magies ne s'apprennent pas non plus grâce à l'expérience mais peuvent être achetées ou revendues en boutique. En dehors de ça les combats, excessivement nombreux, se déroulent comme dans les autres volets, on peut juste noter que les héros attaqueront toujours en premier ce qui n'est pas toujours le cas dans les autres. Phantasy Star Gaiden est à la fois une adaptation fidèle de la série mais en même temps trop éloignée du scénario principal et de l'univers d'Algol pour se révéler très passionnant. Le jeu est mignon mais la réalisation est assez faible, les combats se déroulent par exemple dans une toute petite fenêtre, et les dialogues tout en japonais ne favorisent pas non plus son accessibilité.