A la suite des évènements de Sonic The Hedgehog 2, ce qui restait du Death Egg du Dr. Robotnik s'est écrasé sur une île flottant au dessus des nuages, la mystérieuse Angel Island, ce qui a entraîné sa chute au dessus de l'océan et provoqué un énorme tsunami. Le Dr. Robotnik est décidemment très chanceux, il a atterri sur l'île de la Master émeraude dont les "simples" émeraudes du chaos sont issues. Mais pour la voler il lui faudra détourner l'attention du gardien: Knuckles l'échidné (un cousin du hérisson). Et pour cela quoi de mieux que de le convaincre que Sonic et Tails ont dérobés les émeraudes du chaos et qu'ils vont venir sur l'île pour voler la Master émeraude. Et en effet Sonic et Tails, intrigués par le tsunami et la mystérieuse île, s'approchent de la plage quand Knuckles les arrête d'un coup de poing et récupère les émeraudes. C'est le début des hostilités !

Yuji Naka est de retour au Japon pour être à la tête de ce gros projet développé en coopération entre Sega America (Sega Technical Institute) et la Sonic Team japonaise. Depuis le début l'idée était de faire un jeu en deux parties, Sonic & Knuckles sortira seulement 8 mois après Sonic 3. Ce dernier a été développé en Amérique tandis que sa suite était préparée au Japon. Bien sûr les acheteurs n'étaient pas au courant de ce projet au moment de la sortie de Sonic 3 au tout début de l'année 1994. Et malgré un final mou qui en décevra plus d'un, ce jeu sera l'un des jeux Sonic les plus vendus au monde avec près de 5 millions d'unités écoulées.

On peut toujours choisir de jouer Sonic accompagné de Tails (qu'un deuxième joueur peut contrôler), Sonic seul ou Tails seul. Ce dernier peut maintenant voler et même porter Sonic quelques secondes. Sonic, lui, a appris à créer une sorte de bouclier qui le protège des projectiles quand il saute. Mais surtout les deux compères peuvent désormais compter sur trois boucliers aux effets étonnants. Le bouclier de feu rend son possesseur insensible au feu et permet d'attaquer en traversant l'écran en boule de feu. Le bouclier d'eau crée une bulle qui permet de rester sous l'eau indéfiniment et permet de prendre de la hauteur en rebondissant telle une balle de basket ball. Enfin le bouclier électrique permet de faire un double saut et attire tous les anneaux aux alentours. 

Les Special Stages n'apparaissent plus en fin d'acte, il faut maintenant trouver les anneaux géants cachés dans les faux murs pour y accéder. Lors de ces séquences très réussies, Sonic est vu de dos et il avance tout seul sur une sorte de sphère géante et quadrillée. Le joueur doit seulement appuyer sur gauche et droite pour voir Sonic tourner à 90 degré au niveau des intersections du quadrillage. Le but est de passer sur toutes les boules bleues qui se transforment alors en boules rouges tout en évitant de toucher justement une rouge synonyme d'échec. La vitesse de déplacement augmente petit à petit et le tout est particulièrement fun et demande un peu de réflexion. Il y a 7 émeraudes à récupérer pour pouvoir se transformer en Super Sonic et ainsi dépasser la vitesse du son.
En atteignant un plot de sauvegarde avec 50 anneaux on peut participer à un petit jeu de gatcha gatcha (sorte de machine à bonbons) pour gagner des vies ou des boucliers (Sonic et Ryo Hazuki doivent certainement faire des échanges de figurines pendant leur temps libre).

Enfin un mode 2 joueurs en écran splitté est présent. L'image n'est plus écrasée comme dans Sonic 2 mais on ne traverse plus des niveaux du solo. Ici ce mode n'a aucun intérêt: faire bêtement 5 tours sur 4 minuscules pseudo circuits.

• Vidéo - Premier acte + Special Stage (44.7Mo)
• Publicité japonaise (2.84Mo)