Le Roi du royaume d'Enrich a fait appel au jeune mercenaire Arthur et à deux magiciens, Melody et Forte, pour retrouver la trace d'un ninja renégat caché dans les mines. Après avoir retrouvé Rodi, le ninja en fuite qui semble en savoir bien plus qu'Arthur sur le Roi et les événements mystérieux soudains dans le royaume, un éboulement dans les mines entraîne Arthur, Melody, Forte et Rodi dans une salle secrète au fond des mines. Si Forte se fait posséder par un esprit maléfique avant de disparaître, les trois autres sont aidés par de gentils esprits. Ces derniers expliquent à Arthur qu'un grand danger pèse sur le monde et que son destin est maintenant de faire équipe avec Melody et Rodi pour déjouer cette catastrophe. Malheureusement Rodi est partiellement amnésique après la chute et ne peut pas fournir plus de détails sur cette affaire en rapport avec le Roi. Devant la menace qui plane le groupe part en quête de vérité. Ils découvriront bien vite que le Roi est sous l'emprise de son bras droit Rilix, un puissant démon du clan des Vandals dont le but est de ressusciter l'ancien monde des Vandals pour leur redonner tout leur prestige. Les héros apprendront que la cible des Vandals est le Holy Ark, l'arche sacrée scellée par les Anciens (appelés les Innovators) et qui contiendrait toute la puissance démoniaque et la haine de l'ancien monde des Vandals.

Au cours de sa grande aventure du bien contre le mal, Arthur croisera Galm, qui pour garder sa place du plus puissant des Vandals, va les guider jusqu'à l'arche sacrée pour empêcher Rilix et son puissant compagnon Panzer d'ouvrir le sceau.

Créé par l'équipe interne de Sega, Sonic.co (et certainement avec l'aide de Camelot), Shining The Holy Ark n'est pas un Tactical-rpg. C'est plutôt un retour au source, à la manière de Shining in the Darkness tout le jeu est vu à travers les yeux du Héros qui doit traverser des labyrinthes longs, tortueux, et plein d'énigmes et de monstres puissants. La réalisation est soignée, mais bien que les décors soient en 3D précalculée cela n'empêche pas les textures d'être trop pixélisé par endroit et le clipping un peu violent. Les persos et monstres sont eux en 2D; ils sont grands, détaillés, bien animés, avec un bon design (dans la tradition des Shining Force) et s'intègrent parfaitement dans les décors.   

Il n'y a aucun temps de chargement avant et après les combats puisque les ennemis apparaissent aléatoirement directement à l'écran face au héros. Les combats sont au tour par tour, les deux camps se faisant face, il faut choisir les actions pour ses 4 persos au début du tour et l'ordre des actions est définie de façon classique en fonction de la dextérité des persos et des monstres. Sauf qu'ici tout le combat est vu à travers Arthur. Ses camarades sont invisibles, cachés derrière lui, jusqu'à ce qu'ils exécutent leur action et dans ce cas ils font un pas en avant et apparaissent à l'écran vu de dos. Ces mouvements continus à l'écran et cette vue subjective donne énormément de dynamisme aux combats et finissent d'immerger complètement le joueur dans l'aventure.
En fait l'interface du jeu est la même que dans un Shining Force (attaque, défense, magie, item, fuir) mais c'est la première fois que les coups critiques laissent place à plusieurs animations différentes, de plus en plus impressionnantes au fil du jeu. Ces coups critiques, du héros ou de ses alliés, sont visuellement très réussis, une débauche d'effets spéciaux 2D et 3D avec parfois des invocations. Les coups critiques d'Arthur sont même l'occasion pour l'écran de faire de nombreuses vrilles et rotations puisque la vue est subjective. Vers la fin du jeu même les magies peuvent se transformer en "magies critiques", avec une animation différente et encore un déluge d'effets en tout genre.
Une des célèbres particularités du jeu est sa grande difficulté. Chaque apparition de gros monstres est synonyme de sueur froide. Plus que dans n'importe quel autre RPG, les magies de soutient (augmenter la puissance d'attaque, la défense, la vitesse et la résistance aux magies) jouent ici un rôle déterminant et sont très souvent la clef de la réussite et de la survie. Par exemple, commencer le combat en augmentant la vitesse assurera au joueur que ses persos fassent leurs actions avant celles des monstres, et non pas dans le désordre, ce qui est très important ensuite pour soigner les blessés. Même en utilisant correctement les magies de soutient, les donjons labyrinthiques et longs, avec un level design recherché, obligent le groupe à se téléporter à l'église (pour se soigner, ressusciter les morts et sauvegarder) parfois plusieurs fois par donjon. Il faut ensuite recommencer le donjon depuis le début, mais au fil des combats et des Level up, la difficulté disparaît... jusqu'au donjon suivant. Tout est une question de Level up, comme dans tout bon Donjon-RPG qui se respecte.

En cherchant dans les recoins des villes ou des donjons, en observant tous les arbres, trous, murs et autres rochers suspects, on peut y découvrir une fée spéciale. Au nombre de 50 dans le jeu, ces fées sont classés en 5 catégories. Chacune de ces catégories correspond à une des 5 directions dans lesquelles les monstres peuvent apparaîtrent à l'écran: par le haut, le bas, la gauche, la droite ou le fond de l'écran. Le joueur a environ deux secondes pour voir d'où arrive l'ennemi et choisir la bonne catégorie qui en fonction du nombre de fées trouvées dans cette catégorie entamera plus ou moins la vie du monstre avant même que le combat commence, ce qui ne sera jamais superflu.

Version japonaise	Version européenne	Version américaine

• Intro (3Mo)
• Ingame (12.4Mo)