Reprenant le principe du premier, Rail Chase 2 plonge le joueur sur un wagonnet fou dans une multitude de décors à la recherche du plus grand scientifique de la planète capturé par l'Empire EKKL. Ce deuxième volet tournant sur la carte Model 2B, il fait appel à la 3D mais en dehors de ça, le principe reste le même, il faut abattre le plus rapidement possible les hordes d'ennemis.