L'été de l'année 2005. L'ONU tient son assemblée générale à New York. Soudain, un groupe de terroriste envahit et occupe toute la ville, prenant les citoyens et les représentants des Nations Unies en otages. Les terroristes sont des androïdes développés par un pays à des fins militaires et la police demeure impuissante face à leurs armures. Il est également difficile de mobiliser les forces armées à cause des civils évoluant dans la ville. La situation est dans une impasse. Enfin l'ordre de riposter est donné aux Special Air Armed Forces, une troupe appartenant au National Comittee on Terrorist Contermeasures et au Gun Blade, un hélicoptère de combat spécialement conçu pour maîtriser les terroristes.

Le joueur incarne le tireur de l'hélicoptère Gun Blade et n'est donc pas libre de ses mouvements, le jeu se déroule sur rail à la Virtua Cop. Le jeu de l'AM3 est en fait leur réponse au jeu de leurs voisins de l'AM2, le gameplay est similaire mais l'ambiance de GunBlade NY est plus futuriste avec des cyborgs comme ennemis. 

Autre différence, la caméra zoome sur les ennemis, ce qui peut d'ailleurs poser problème à deux joueurs. Les munitions sont illimitées mais les ennemis disposent d'une intelligence artificielle leur indiquant de se planquer dans un endroit plus sûr si on déboule trop bruyamment. Deux modes principaux sont proposés offrant quatre niveaux chacun : UN HQ Recovery (easy) et Big Apple Liberation (hard). Un troisième mode "Score Attack Remix" est également accessible mais uniquement en solo.